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Proteomics - Anwendungen und Methoden


Eckdaten der Veranstaltung


Auch als Inhouse-Seminar


  • Termin: von Dienstag, 19. November 2019 bis Mittwoch, 20. November 2019
  • Uhrzeit: Tag 1: 10:00-17:00, Tag 2: 09:00-16:00
  • Teilnahmegebühr: 889,00 € (1057,91 € inkl. MwSt.)
  • Veranstaltungsort: Heidelberg (Details siehe unten)
  • Veranstaltungscode: SPRT-1

Die Unterlagen werden in englischer Sprache an die Teilnehmer ausgehändigt.
Das Seminar wird auf deutscher Sprache gehalten. Der Referent kann - falls nötig - jederzeit in die englische Sprache wechseln.

Zielgruppe

Das Seminar richtet sich an Anwender, welche in den Bereichen der Pharmaindustrie, der Lebensmittel- und Getränkeindustrie, der Forschung und Entwicklung sowie medizinischer und diagnostischer Labore tätig sind und einen Einblick in das Themengebiet Proteomics erlangen, beziehungsweise bestehende Kenntnisse vertiefen möchten. Weiterhin werden Teilnehmer aus den Gebieten der Biotechnologie, der Biomaterialforschung sowie der synthetischen Biologie angesprochen.

Lerninhalte

Es werden komplette Workflows zum Umgang mit Proteomics in den Vordergrund gestellt. Diese beginnen bei der Probenauswahl und deren Vorbereitung, gehen über die Analyse mittels Massenspektrometrie, bis hin zur Verarbeitung der erhaltenen Daten sowie deren Interpretation und den Umsatz in schlüssige Informationen. Alle Aspekte der hochmodernen Proteomic werden beleuchtet und präsentiert. Zudem werden Fallstricke aufgezeigt sowie die Fehlerbehebung in komplexen Workflows angesprochen und diskutiert.

Referent(en)

Dr. Manfred Raida
(Diplom-Chemiker)
Herr Dr. Manfred Raida promovierte nach Abschluß seines Studiums am Max-Planck Institut für Biophysik in Frankfurt im Forschungsbereich der Proteinanalytik. Nach Tätigkeiten als Gruppenleiter im Niedersächsischen Institut für Peptidforschung und Senior Researcher bei der Cellzome AG (heute GSK), übernahm er die Position als Gruppenleiter am Experimental Therapeutics Centre in Singapur in den Bereichen Proteomics und Metabolomics. 2013 trat er als Senior Research Fellow in das Lipidomics Labor der National University of Singapore und arbeitete dort auf den Gebieten Proteomics, Metabolomics und Lipidomics. Zudem ist er als Executive Editor für das Journal of Proteomics tätig.

Programm

Tag 1: 19.11.2019 | Grundlagen und Probenvorbereitung | Dr. Raida

Definition und Ziele von Proteomics
  • Einführung und kurze Historie des Verfahrens
  • Beispiele der Proteomics-Forschung in Industrie, klinischen Verfahren und der Grundlagenforschung

Die Definition der Proteinstruktur
  • Aufbau eines Proteins
    • Aminosäuren-Sequenz, Posttranslationale Modifikationen, Struktur, Interaktionen
  • Von der Sequenz-Information über Interaktion bis hin zur biologischen Funktion
  • Die Komplexität des Proteoms

Applikationsfelder des Proteomic-Verfahrens
  • Aufzeigung des Nutzens anhand von Beispielen aus dem Bereich der Industrie, medizinischen Laboren sowie der Grundlagenforschung

Probenherstellung für Proteom-Analysen
  • Gestaltung aussagekräftiger Studien in verschiedenen Anwendungsbereichen

Probenvorbereitung für Proteom-Analysen
  • Chromatografische Trennmethoden
    • Methodenentwicklung zur Peptidtrennung für LC-MS und LC-MS/MS
  • Elektrophoretische Trennmethoden
    • Eindimensionale und zweidimensionale Gelelektrophorese
  • Affinitäts- und Anreicherungstechniken
  • In-solution und In-gel-Verdau von Proteinen
    • Verwendung verschiedener Enzyme
    • Chemische Spaltung
    • Spezielle Methoden (Filter aided sample preparation - FASP)
  • Spezifische Anreicherungsansätze
    • Phosphopeptide
    • Glykosylierung
    • Verwendung von Antikörpern zur Anreicherung
  • Peptid-Trennung
    • HILIC
    • ERLIC
    • high-pH reversed phase HPLC
    • TIO2 Phosphopeptid-Anreicherung
  • Protein-Protein-Interaktionen
  • Molekül-Protein-Interaktionen
    • Chemical Proteomics
  • Peptidomics - ein Teilgebiet von Proteomics

Tag 2: 20.11.2019 | Probenmessung und Ergebnisinterpretation | Dr. Raida

Probenanalyse
  • Massenspektrometrie
    • Grundlagen der Massenspektrometrie und Ionisierung (Maldi, Elektrospray)
  • Geräte der Massenspektrometrie
    • Triple Quad, Time-of-Flight, Ionenfallen, Orbitraps und darüber hinaus
    • Fragmentierung
  • Kopplung von Flüssigkeitschromatografie mit Massenspektrometrie
    • Analyse komplexer Proben
  • Methodenentwicklung zur massenspektrometrischen Proteom-Analyse
    • Datenabhängige Methoden
    • Bottom-up Proteomics
    • Datenunabhängige Methoden (SWATH)
    • Gezielte Methoden (MRM/SRM)
  • Optimierungen der Geräteeinstellungen sowie der Trennverfahren
    • Fallstricke
    • Troubleshooting
  • Blick auf künftige Entwicklungen
    • Top-down Proteomics
    • Middle-up Proteomics

Interpretation von Rohdaten
  • Grundlegendes Verständnis erhaltener Rohdaten
  • Weiterverarbeitung von Rohdaten

Datenbank-Analysen
  • Datenbank-Suche sinnvoll bewerkstelligen
  • Verfügbare Datenbanken
  • Verfügbare Software zur Datenbank-Suche
  • Fallstricke und Troubleshooting

Ergebnisse interpretieren und in Informationen umwandeln
  • System Biologie - der nächste Schritt

    Weitere -omics
    • Lipidomics
    • Transcriptomics
    • Metabolomics

    Veranstaltungsort

    Qube Hotel Heidelberg

    Bergheimer Str. 74
    69115 Heidelberg
    +49 (0)6221 / 187990
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